La construction et l’exploitation du FCC au CERN pourraient exacerber les conflits d’usage de l’eau dans la région.
La phase de creusement, des puits, des cavernes gigantesques et du tunnel pourrait perturber les réseaux d’eaux souterraines, avec possible asséchement, pollution.
La phase de construction va aussi nécessiter d’importantes quantités d’eau pour le béton, le refroidissement des machines et les besoins des travailleurs, pourrait entrer en compétition avec l’agriculture locale, les besoins domestiques et les écosystèmes sensibles déjà soumis au stress hydrique, notamment en période de sécheresse.
L’exploitation du futur collisionneur, avec ses systèmes de tours de refroidissement sophistiqués et ses besoins en énergie (dont la production peut consommer de l’eau) exemple : refroidissement d’un possible EPR), maintiendrait une demande significative sur les ressources hydriques locales.
Des rejets d’eaux usées traitées, bien que contrôlés, pourraient également impacter la qualité des cours d’eau et les usages en aval. La gestion durable de cette ressource partagée nécessitera une coordination rigoureuse entre le CERN, les autorités locales nationales voir européennes, les agriculteurs et les associations environnementales pour ménager les tensions. Ceci afin de respecter et de garantir les lois pour un accès équitable à l’eau pour tous les usagers, tout en préservant les milieux naturels.